Thời gian gần đây, địa bàn do Đồn Biên phòng Nậm Kè, BĐBP Điện Biên phụ trách tiềm ẩn nguy cơ diễn ra nhiều hoạt động như di dịch cư tự do, tội phạm mua bán, vận chuyển ma túy, tuyên truyền đạo trái pháp luật, gây mất an ninh chính trị, trật tự an toàn xã hội, phá hoại cuộc sống bình yên của nhân dân. Do đó, đơn vị đã chủ động cùng cấp ủy, chính quyền địa phương, lực lượng chức năng triển khai nhiều biện pháp bảo vệ chủ quyền, an ninh biên giới quốc gia, giữ bình yên địa bàn khu vực biên giới.