Cục Phòng, chống tội phạm ma túy BĐBP thành lập ngày 28-1-2005. Ngày 24-11-2015, Bộ trưởng Bộ Quốc phòng ra Quyết định số 5012/QĐ-BQP về việc đổi tên Cục Phòng, chống tội phạm ma túy BĐBP thành Cục Phòng, chống ma túy và tội phạm (PCMT&TP) BĐBP với 11 đầu mối đơn vị trực thuộc. Với chức năng là cơ quan tham mưu, hướng dẫn, chỉ đạo và trực tiếp đấu tranh phòng, chống ma túy và tội phạm trên khu vực biên giới, vùng biển, những năm qua, Cục PCMT&TP BĐBP luôn hoàn thành xuất sắc nhiệm vụ được giao, góp phần giữ vững an ninh, trật tự, phát triển kinh tế - xã hội trên khu vực biên giới, vùng biển của Tổ quốc.