Theo các chuyên gia kinh tế, do thuộc nhóm không chịu thuế giá trị gia tăng (VAT), các doanh nghiệp phân bón không được kê khai, khấu trừ VAT đầu vào cho các khoản đầu tư, mua sắm tài sản cố định, vốn đang chịu mức thuế 7 - 8%. Điều này đã gây ảnh hưởng lớn đến doanh nghiệp và người nông dân.