종합지급결제업 도입이 다시 논의되고 있는 가운데 찬반의견이 대립하고 있고 그동안 제기된 쟁점도 충분히 해소되지 않은 상태다. 은행 등은 종합지급결제업이 도입될 경우 산업자본의 은행업 우회진출, 동일기능-동일리스크-동일규제 원칙 약화, 지급결제와 금융 안정성 위협을 우려하고 있다. 그러나 종합지급결제업 도입을 희망하는 전자금융업자와 신용카드사들은 자금이체업 경쟁 강화, 금융서비스 경쟁 촉진, 금융거래비용 절감, 금융소비자 편익 증대 등의 긍정적 효과가 나타날 것이라고 주장한다.이와 같은 쟁점들이 발생하는 근본적 원인을 살펴보면 네 가지로 요약된다. 첫째, 종합지급결제업 자체는 은행업에 해당되지 않으나 사업 양태에 따라 은행업을 영위한다고 주장될 수 있기 때문이다. 둘째, 실시간 자금이체가 이연차액결제 방식으로 처리되면 결제불이행 리스크가 발생하고, 이를 이유로 은행의 집단적 의사결정으로만 지급결제시스템 참가를 허용하기 때문이다. 셋째, 머니무브가 예상됨에 따라 금융업계 간에 이해가 충돌하기 때문이다. 넷째, 전자금융업자와 신용카드사들이 주장하는 긍정적 효과가 종합지급결제업 도입으로 나타날 가능성이 확실하지 않기 때문이다.