정부 R&D 예산 투자 규모는 20조 원을 넘어섰지만 투자 효과성은 선진국에 비해 감소하고 있다. 이에 따라 정부는 국가연구개발사업을 효과적으로 개선하기 위하여 부처.분야간 중복을 방지하면서도 협업.융합을 촉진하기 위한 다부처공동연구사업을 적극 추진 중이다. 본 연구는 이러한 다부처 R&D 사업을 협력적 거버넌스 측면에서 분석하기위해 첫째, 기존 R&D 거버넌스 구조 분석 요소와 협력적 거버넌스 분석 요소들을 추출하여 다부처연구개발사업의 협력 형성 결정요인 분석모델을 제시하였다. 둘째, 미국의 대표적인 다부처연구개발사업인 「국가나노기술개발전략」(National Nanotechnology Initiative)과 2011년부터 과기부, 산업부, 복지부가 공동으로 추진중인 「범부처 전주기신약개발사업」에 제시된 협력적 거버넌스의 분석틀을 적용하여 비교하였다. 셋째, 다부처연구개발사업의 협력 형성 결정요인별로 두 사업을 비교한 결과를 토대로 향후 개선 방향을 제시하였다.